宇宙戦艦ヤマト2199 星巡る方舟

宇宙戦艦ヤマトが、大マゼラン星雲からの帰路につく中、新たな脅威が出現する。それは、ガミラス艦を跡形もなく消滅させる恐るべき超兵器だった。航海中、ヤマトはゴラン・ダガム率いるガトランティス艦隊と遭遇し、ダガムは「ヤマト」を獲物として宣言する。

古代進は降伏を拒否し、ヤマトは逃走を図る。その結果、物理法則が歪み、現実が崩壊するような、未知の領域に迷い込んでしまう。調査隊がこの奇妙な世界を探検すると、彼らは決して一人ではないことに気づく。見覚えのある敵が影に潜んでいるのだ。時間切れが迫る中、テロンとガミラスは、この異質な世界で一時的な同盟を結ばざるを得なくなる。その間にも、ガトランティス軍は勝利を確信し、着実に迫ってくる。