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港町リブラシティ。富が集中する政治、経済、文化の中心地であるアッパータウン。その外側は犯罪と腐敗が蔓延し、誰も信用しない世界。その二つの地域の間には巨大な運河があり、一本の橋が架かっている。この街の構造は、人間の差別を具現化したものだ。

アッパータウンから仕事のためにアウトサイドに引っ越してきたばかりの若い女性刑事、ソニアは、いくつかの事件を追ううちに、人類を守るために戦う3体の醜い存在に出会う。「彼らは一体何者なのか…？」彼女は疑問に思う。

妖怪人間と呼ばれるこの3体の怪物は、それぞれの感情や考えを抱きながら、正体を隠して生きている。ベムは人間になることを願い、人間に降りかかる悪と戦う。ベラは人間になることを夢見て、人間を理解するために学校に通う。ベロはゲームの世界に没頭し、人間と世界を哲学的に考察する。事件に遭遇するたびに、彼らは人間と接触し、傷つき、悩みながらも、人類のために戦う。しかし、その恐ろしい姿ゆえに、彼らは人間には決して受け入れられない存在なのだ。

この3体の存在を探しているもう一人の人物がいる。彼女はリブラシティを影で操る秘密組織に目を光らせている。彼女がこの3体を手に入れようとする目的とは一体何なのか。