ポケモン不思議のダンジョン マグナゲートと∞迷宮

一人の少年が、助けを求める声で目を覚ますと、彼の日常は一変する。気が付くと、彼は人間ではなく、ミジュマルというポケモンになっていた。水面に浮かび、必死の叫びに悩まされる。混乱の中、空から落下し、再び目を覚ますと、そこは見知らぬ森の中だった。

そこで出会ったのは、心配そうに彼を見つめるメスのピカチュウ。戸惑いながらも、ミジュマルに変身した少年は、この不思議な世界を冒険し、自身の変身の謎を解き明かし、困っている人々の声に応えなければならない。新たな友情を育みながら、「マグナゲート」に隠された秘密を解き明かす。