メガゾーン23 PART II 秘密く・だ・さ・い

デザルグが再び現れ、メガゾーン23の防衛に対して壊滅的な新兵器を解き放った。高度な兵器こそが救済の鍵であると信じるB.D.は、EVEの最終保護レベルを突破し、メガゾーン23を完全に支配して無制限の兵器開発を促進しようと決意している。

一方、ショウゴはバイクギャング「Trash」やガールフレンドのユイと過ごし、普通の生活に戻ろうとしていた。しかし、メガゾーンの秘密政府の政策に対する彼の揺るぎない信念は変わらない。EVEが彼に助けを求めると、ガーランドの隠された場所を発見する。

ショウゴとB.D.、Trashと軍、そしてデザルグとメガゾーンの間で、最終決戦の舞台が整う。しかし、EVEの究極の秘密であるA.D.A.M.は、その行く手にあるすべてを消し去り、すべての生存を疑わしくする。