武装錬金

物語は、高校生の武藤カズキが一夜、謎の少女を怪物から救って死んでしまうところから始まる。彼は学校の寮で目を覚まし、夢だったと思い込む。しかし、巨大な蛇のような怪物が彼と妹を襲ったとき、その夢が夢ではなかったことをすぐに知る。彼が救った津村斗貴子は、怪物はホムンクルスだと説明する。カズキは彼女を救出した際に、ホムンクルスに襲われて殺されていたのだ。しかし、彼女は彼に責任を感じ、胸にカクガネのメダルを埋め込むことで彼を蘇生させた。それは、替えの心臓として機能する。

斗貴子が説明するように、カクガネは錬金術的な装置であり、活性化されると、カクガネのユーザーに基づいて特定の形を取り、独自の武装錬金を作り出す。武装錬金は、ホムンクルスを破壊できる唯一の手段である。これを使って、カズキは自身の武装錬金（「サンライトハート」、巨大なランス）を作り出す。斗貴子と彼女自身の武装錬金（「ヴァルキリースカート」、処刑用の大鎌）と共に、カズキはホムンクルスとそのマスターとの戦いに参加する。