護くんに女神の祝福を！

東京ベアトリーチェ大学附属高校は、人々の意志に応え、それを実現する神秘的な力「ベアトリーチェ」を学ぶ特別な学校。「魔法が現実となる」場所である。幼い頃、ベアトリーチェの力によって奇跡的に命を救われた吉村護は、高校に入学する。

入学初日、護は桜の木の下で出会った美少女、鷹栖絢子に突然デートを申し込まれる。絢子は2年生で、風紀委員長を務めるだけでなく、大物政治家の孫娘であり、衛星さえ撃ち落とせるほどの天才的なベアトリーチェ使い。その実力から「魔女ベアトリーチェ」や「死神天使」とも呼ばれているが、実は純粋で無垢な心の持ち主。

こうして、護は並外れた力を持つ絢子との予想外の恋愛関係に巻き込まれ、魔法と現実が交錯する世界で、高校生活の複雑さとベアトリーチェの驚異を体験していく。