灼眼のシャナ

高校生の坂井悠二は、平凡な日常を送っていると思っていた。しかし、ある日、街中で異様な光景を目にする。人々が青い炎に包まれ、動きを止めているのだ。そして、巨大な人形のような異形の者が、彼らを襲い始める。まさに自分が殺されそうになった瞬間、漆黒の外套をまとい、大剣を振るう赤髪赤眼の少女が現れ、怪物を一刀両断する。

少女は悠二に、自分が「フレイムヘイズ」と呼ばれる存在であり、「紅世の徒（グゼのトモガラ）」と呼ばれる異世界の侵略者を狩る者だと告げる。そして、悠二自身は既に「存在」を喰われた「トーチ」と呼ばれる仮の存在であり、しかも特別なトーチである「ミステス」だと告げる。胸元を見ると、確かに微かな炎が灯っている。

少女は自らを「シャナ」と名乗り、悠二は彼女と共に、世界の均衡を守るための戦いに身を投じることになる。自身の存在意義を問いながら、シャナと共に数々の困難に立ち向かっていく悠二の、永きに渡る戦いが始まる。