とある魔術の禁書目録

科学的に高度な超能力を持つ学生たちが暮らす都市を舞台に、魔法もまた現実である世界。上条当麻の右手「幻想殺し（イマジンブレイカー）」は、あらゆる魔法、超能力、神の力を打ち消すが、自身の不運は打ち消せない。ある日、彼はベランダの手すりにぶら下がっている少女を見つける。彼女はイングランド国教会の修道女で、彼女の心には教会が流通から排除したすべての魔法文書である「禁書目録（インデックス）」が埋め込まれていた。