超劇場版ケロロ軍曹3 ケロロ対ケロロ 天空大決戦であります！

物語は、日向冬樹とケロロ小隊がペルーのマチュピチュにある古代寺院を探索するところから始まります。探検中、ケロロはうっかり罠を作動させてしまい、偶然にも中央に大きな青い水晶が置かれた隠された部屋を見つけます。ケロロが鍵に寄りかかったことで、部屋の謎の機械が作動し、寺院全体が揺れ始めます。何が起こっているのかに気づいた一行は、部屋から逃げ出します。逃げる途中、ケロロはうっかりケロボールを落としてしまい、冬樹は逃げる際に光る若い女性を一瞬見かけ、ケロロに部屋に女の子がいたことを伝えようとしますが、何も言えずに部屋を出ざるを得なくなります。一行は無事に脱出しますが、その少女（光る翼が生えています）は彼らが去るのを見守っています。一方、部屋の中では、水晶の中で何かが成長し始めています...