フルメタル・パニック！

秘密組織ミスリルに所属する17歳の軍事スペシャリスト、相良宗介は、「ウィスパード」と呼ばれる特別な知識を持つ少女、千鳥かなめを保護する任務を命じられる。宗介はかなめを守るため、彼女の通う高校に生徒として潜入し、戦場で培った戦闘スキルを駆使して、過去の敵や新たな脅威と戦うことになる。

しかし、宗介にとって最も困難なのは、戦場での生活とは全く異なる、普通の高校生としての生活に慣れることだった。日常的な社会の相互作用や習慣を理解するのに苦労し、コミカルな誤解や気まずい状況を引き起こしてしまう。宗介はかなめを危険から守りながら、普通の高校生活に溶け込み、受け入れていくことを学ばなければならない。