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舞台は西暦3000年。大量破壊兵器と環境破壊によって荒廃した地球。アムロのアニメ化された分身は、唯一の生存者として、かつて美しかった地球を取り戻したいと願っています。彼女はタイムスリップを通じて、21世紀に「時代を超えた『世界平和』のメッセージ」を伝えようとします。

現代に生きる少女（アムロのもう一つの分身として表現される）は、その世界平和のメッセージを受け取ります。