科学忍者隊ガッチャマンF

『ガッチャマンII』の終わりにリーダーXが倒されたと思われた後、生き残った彼の破片が進化して恐るべきZとなり、エゴボスラー一族の首領であるエゴボスラー伯爵とその部下であるメハンドールとケンプラーと手を組む。彼らは共に地球の破壊を企み、科学忍者隊は再び地球を守るための戦いを繰り広げることとなる。

アンダーソンの死後、南部博士がISOのリーダーとなり、チームは海底基地ギャラタウン（Gタウン）に拠点を置くことになる。技師の加茂がチームに加わり、ニューゴッドフェニックスが早期に破壊された後、彼らは新たなメカであるガッチャスパルタンを受け取る。ガッチャスパルタンは、ケンが新しいガッチャフェンサーの剣を使うことで初めて使用できる、独自のハイパーシュートモードを備えている。

戦いが激化するにつれて、チームはハイパーシュートの放射線が徐々にケンを毒し、使用するたびに彼の命を脅かしていることを発見する。その間、Zは究極の計画を明らかにする。それは、反物質小惑星「ポイズンアップル」で地球を破壊するというものであり、ガッチャマンチームを限界まで追い詰める。