光と水のダフネ

未来、地球温暖化の影響で地球の大部分が水没した。孤児の15歳、水未来（ミズキ・マイア）は中学校を卒業したばかりで、未来世界の政府機関であるエリート準軍事組織、海洋庁への就職を申し込んだ。入学資格があるのは、最も優秀で、知力が高く、体力のある学生だけだ。シリーズの主人公であるマイアは、その数少ない一人になろうとしている。

しかし、彼女の理想の生活はすぐに崩れ去る。残念なことに、マイアは予期せず入学試験に失敗してしまう。さらに悪いことに、彼女はすぐに家を追い出され、スリに遭い、人質に取られ、そして撃たれる。彼女は、型破りな便利屋組織「ネレイス」（ギリシャ神話のネレイスにちなむ）の一員である2人の女性（レナとシズカ）によって「救われる」。行く当てのないマイアはネレイスに加わり、指名手配犯の逮捕から迷子の猫探しまで、予期せぬ結果を伴う仕事をこなしていく。後にグロリアとユウもネレイスに加わる。

タイトルの「ダフネ」は、シリーズの中盤から始まるサブプロットを指し、最終的にはマイアにとって重要なものとなる。「Brilliant Blue」は、ここが陸地がほとんどなく、水に覆われた世界であることを指している。世界は広大な海、いくつかの島、そして浮遊都市で構成されている。