ポケットモンスターSPECIAL ファイアレッド・リーフグリーン

この章では、『ポケットモンスターSPECIAL』の最初の章である『赤・緑・青』の主人公であるレッド、グリーン、ブルーのキャラクターが再び登場する。レッドとブルーは、デオキシスに誘拐されたオーキド博士を探すために、ナナシマ諸島を探索せざるを得なくなる。一方、グリーンはついに両親を見つけるが、まさに会おうとした瞬間、謎のブラックホールに飲み込まれてしまう。レッド、グリーン、ブルーは、かつての敵であるイツキとミュウツーの助けを借りながら、行方不明の親族を探し出し、同時に再びロケット団を倒さなければならない。カントー地方では、シルバーもイエローの助けを借りて両親を探している。