WXIII 機動警察パトレイバー

東京湾周辺でレイバー事故が多発し始めたため、刑事の楠と秦は捜査を命じられる。彼らが発見したのは、政府による一連の隠蔽工作、WXIII（ウェイステッド・サーティーン）と名付けられた新型生物兵器に関する陰謀、そして秦にとって悲劇的な個人的つながりだった。この脅威を阻止する唯一の希望は、軍と協力し、WXIIIを特車二課のレイバーとの対決に導くことである。

この映画は、『機動警察パトレイバー the Movie』と『機動警察パトレイバー2 the Movie』の間に起こるサイドストーリーである。