ポケットモンスター ミュウツー! 我ハココニ在リ

ロケット団のボス、サカキは、ジョウト地方の奥地にミュウツーを発見し、再び捕獲しようと試みます。その過程で、サトシと仲間たちは、ピカチュウをロケット団のムサシとコジロウから救出しようとするうちに、ロケット団の新たなメンバーであるドミノに誘拐されてしまいます。さらに、クローンポケモンたちも捕らえられ、ミュウツーをおびき寄せるための餌として利用されます。事態は、ミュウツーとサカキの意志の衝突へと発展し、ミュウツーは自身とクローンたちが、科学によって生み出された存在でありながらも、生きる目的を持つことができるのかを模索します。