機動戦士ガンダムSEED DESTINY

C.E.（コズミック・イラ）73。第二次ヤキン・ドゥーエ戦役の終結により、ナチュラルとコーディネイター間の戦争は終結したかに見えたが、両者の間の緊張は依然として高まっていた。プラントの議長、ギルバート・デュランダルとオーブの代表、カガリ・ユラ・アスハの会談中、一団の兵士がZAFT（ザフト）の新開発されたガンダムを強奪する。ZAFTの兵士であるシン・アスカは、ZAFTの艦艇ミネルバの仲間たちと共に、この強奪を阻止しようと出撃する。

カガリの護衛であるアスラン・ザラの助けを借り、ミネルバはガンダムを強奪した謎の艦を追跡する。しかし、より大きな問題が発生し、第二次ブラディ・バレンタイン戦争が勃発する。