女神候補生

人類が宇宙に進出し、他の惑星を植民地化した遠い未来。突如として現れた異星生命体「Victim（ヴィクティム）」は、人類の植民地を次々と破壊し、最後の希望である惑星「Zion（ザイオン）」のみを残した。Victimの侵攻からZionを守るため、地球軌道アカデミー（GOA）が設立され、Zionの植民地から選ばれた若者たちが、人型戦闘ロボット「Ingrid（イングリッド）」、別名「女神」のパイロットとして訓練を受けることとなる。

パイロットには、希少な血液型であるEO型と、特別な能力「EX」を持つことが求められる。候補生88番、ゼロ・エンナはGOAに到着し、ひょんなことからIngridの一機である「Eeva-Leena（エヴァ・リーナ）」のコックピットに乗り込むことになる。パイロットとIngridのシンクロは非常に危険であり、女神がゼロを拒絶し、命を奪う可能性が高いと考えられていた。しかし、意識を失う寸前、ゼロはエヴァ・リーナとの完全なシンクロを果たす。この前例のない出来事の意味を理解する間もなく、ゼロは過酷なパイロット訓練に身を投じることとなる。